曾经盛极一时的日本忍者因强迫解散消失无踪。而事实上，忍者至今依旧暗中存在，人数据说多达20万人。部分精锐忍者在国家级的对抗中负责执行秘密任务，相当活跃。不过另一方面，下级忍者却是经常拿不到工作，其中之一的云隐九郎也一样，过…

在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立科学王国，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的武装帝国却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。

沐浴后能致死的剧毒之雨“Blue Cyst”所导致的大灾难“新月之泪”。在那之后经过100多年的时间，人类终于开始走上了克服这一灾难的道路。在荒废世界的村落“Nest”中坚强生活的人们身边，发现了搭载类双对思考型AI的类人“梅加斯”的身影…